JAYAPURA — Perselisihan diplomatik dan politik antara Indonesia dan Belanda mengenai Papua Belanda berlangsung selama 12 tahun, terbagi dalam tiga fase yang strateginya berbeda. Fase pertama (1950–1954) diwarnai negosiasi bilateral yang menemui jalan buntu. Fase kedua (1954–1958) Indonesia mengalihkan upaya ke Majelis Umum PBB untuk menggalang dukungan internasional. Fase ketiga (1960–1962) menjadi periode paling kritis ketika Indonesia menerapkan kebijakan konfrontasi yang menggabungkan tekanan diplomatik, politik, ekonomi, dan kekuatan militer terbatas.
Belanda berargumen bahwa Papua secara etnis dan geografis berbeda dari wilayah Indonesia lainnya karena penduduknya adalah Melanesia. Pemerintah Belanda juga menilai wilayah itu tidak ikut serta dalam Revolusi Indonesia dan selalu dikelola secara terpisah dari Hindia Belanda. Ilmuwan politik Arend Lijphart mencatat ada motif lain di balik sikap Belanda, yakni potensi sumber daya ekonomi yang menguntungkan, pentingnya posisi strategis sebagai pangkalan angkatan laut, serta kemungkinan dijadikan negara terpisah.
Sebelum Belanda tiba, beberapa kerajaan Nusantara seperti Kesultanan Bacan, Ternate, dan Tidore telah mengklaim kedaulatan atas sebagian wilayah Papua Barat. Kesultanan-kesultanan ini memungut upeti dari penguasa lokal berupa massoy, pala, cangkang penyu, rempah-rempah, bulu burung cendrawasih, getah, hingga budak. Jika upeti tidak dipenuhi, hukuman ekspedisi hongi akan dijatuhkan. Pada 1828, Belanda mendirikan pemukiman dan mengklaim kedaulatan atas bagian barat pulau yang berada di barat bujur 141 derajat.
Karena nilai ekonomi Papua dianggap minim, Belanda awalnya mendukung Tidore sebagai penguasa. Perbatasan Tidore diperluas hingga mendekati perbatasan internasional Indonesia-Papua Nugini pada 1849. Baru pada 1898 Belanda mendirikan pusat administratif, diikuti misionaris dan pedagang. Pada 1901, Belanda secara resmi membeli Papua Barat dari Kesultanan Tidore dan memasukkannya ke dalam Hindia Belanda.
Setelah Revolusi Nasional Indonesia, Belanda menyerahkan kedaulatan kepada Negara-Negara Bersatu Indonesia pada 27 Desember 1949. Namun, Papua Belanda tidak dimasukkan. Konferensi Meja Bundar Belanda-Indonesia pada akhir 1949 memutuskan status quo wilayah tersebut dipertahankan dan akan dinegosiasikan bilateral setahun setelah penyerahan kedaulatan. Perbedaan tak terselesaikan hingga 1950, mendorong Presiden Sukarno membubarkan Negara Serikat Indonesia dan memproklamasikan Republik Indonesia yang bersatu pada 17 Agustus 1950.
Pada tahap akhir konfrontasi, Indonesia menyusun rencana invasi militer dan memperoleh senjata serta dukungan politik dari Uni Soviet. Hal ini mendorong Amerika Serikat turun sebagai mediator. Setelah Perjanjian New York, Belanda menyerahkan Papua Barat ke Otoritas Eksekutif Sementara PBB, yang kemudian menyerahkannya ke Indonesia pada 1 Mei 1963. Integrasi resmi terjadi setelah plebisit 1969.